Depende. Como ya se ha perdido la noción de lo que significa el futuro imperfecto de subjuntivo, cualquier hablante promedio consideraría que ambas frases significan lo mismo, pues «matare» ha sido prácticamente sustituido por «matase».
Si la diferencia siguiera siendo clara para cualquier hablante, «matare» implicaría una posibilidad muy remota, mientras que «matase» (o «matara») implicaría simple posibilidad.
